Le STIF est présidé par Jean-Paul HUCHON, Président du Conseil Régional. C’est un établissement public local, il est l’émanation de neuf collectivités territoriales d’Ile-de-France (la Région, Paris et les 7 autres départements franciliens 77, 78, 91, 92, 93, 94, 95). Son conseil d’administration comporte 29 membres :
     • 15 pour la Région,
     • 5 pour la Ville de Paris,
     • pour chacun des autres départements
Un représentant de la Chambre Régionale de Commerce et d’Industrie ainsi qu’un représentant des présidents des Etablissements Publics de Coopération Intercommunale complètent ce Conseil.

Le STIF met en œuvre les décisions prises au sein de son Conseil d’administration. Elles peuvent être notamment :
     • structurantes, telles que le prolongement d’une ligne de métro, la rénovation d’une gare, l’aménagement de voies
       de bus...
     • innovantes, telles que le lancement de nouveaux services, comme le Noctilien, le passe Navigo...
     • qualitatives, telles que l’augmentation du nombre de trains ou de bus, l’information sur les temps d’attente des bus,
       la vidéosurveillance...
     • économiques, telles que des tarifs sociaux (Solidarité Transport), des forfaits pour les jeunes (Imagine’R)
       ou ouverts à tous (Carte Orange).

Les décisions du STIF sont ensuite engagées en concertation avec les transporteurs, RATP, SNCF et OPTILE (réseau de bus privés). En contrepartie, le STIF rémunère les entreprises pour le fonctionnement quotidien des transports et les améliorations qu’elles apportent à sa demande. Cette rémunération est prévue par des contrats d’objectifs avec la RATP et la SNCF et une convention avec OPTILE.